El órgano de gestión de la Real Academia de Medicina de Cantabria es su Junta Directiva siendo responsable de la dirección general y del desarrollo de las actividades que realiza la Academia.

El Presidente de la Academia asume la máxima autoridad directiva y la representará en sus relaciones con las administraciones públicas, con las corporaciones oficiales y con la sociedad civil.

El Vicepresidente asumirá las funciones que le delegue el Presidente y velará por las relaciones con las diferentes secciones